迄今为止，国内外中央空调水系统结垢后均采用强腐蚀性酸洗除垢，强酸性清洗对空调系统危害很大；
1、腐蚀金属，损伤主机，缩短空调使用寿命，导致设备提前报废；酸洗技术是借助强腐蚀性的酸溶解中央空调系统中的污垢。由于中央空调水系统是多材质体系，酸对金属具有强烈的化学腐蚀，从而使中央空调系统使用寿命大大缩短。其原因如下：
(1)酸（如盐酸）本身能与设备的主要材料（如钢、铜）发生化学反应，使钢、铜以离子形式溶于水中，对金属造成腐蚀，即使加入缓蚀剂，也不能完成阻止反应发生，对设备仍会造成危害。如果清洗时间延长，产生大量氧化性较强的Fe3+离子，对设备将会造成更大的腐蚀。
(2)加入酸后，酸本身能在水中电离，产生大量的阴、阳离子，大大提高水溶液的电导率，加速微电化学反应，加速对设备的腐蚀。
(3)在清洗中，设备（主要是换热器的胀管处）易发生下列四种危害性较强的腐蚀：间隙腐蚀、点蚀、电偶腐蚀、晶间腐蚀。其中在铜管与钢板胀接处，在设备制造时本身存在微小尺寸间隙（胀接处两边），极易造成间隙腐蚀。在铜管凸出处，一般垢较厚，易造成垢下腐蚀（由于浓差电池作用），加入大量C1-离子后，由于C1-具有较突出的加速点蚀作用，有可能使设备局部点蚀穿孔。在胀接处，由于设备本身是异种金属（钢、铜）接触，存在电位差（钢电位高于铜），溶液电导率增加后，将加速电偶腐蚀。最后C1-具有明显的加速晶间腐蚀的作用，由于晶间几何尺寸极小（几微米），发生腐蚀后，肉眼不易发现，这对于不锈钢换热器来说较危险，很有可能出现不锈钢表面未见锈蚀，而由于晶间腐蚀，已经使不锈钢板蚀穿的现象。
(4)铜管与钢板一般采取胀接方式联接，嵌入量仅几丝（百分之几毫米），较易腐蚀穿孔。
(5)一旦腐蚀，引起泄漏，水将进入氟里昂中：氟里昂遇见水（即使是空气里的水份），发生反应，生成HCI（盐酸）、HF（氢氟酸），盐酸是强酸，腐蚀性很强，氢氟酸腐蚀性更强，一般金属均能迅速腐蚀（包括一般的不锈钢，只有高铬镍含钼的不锈钢除外）。一旦腐蚀穿孔（即使是针孔），生成HCI、HF，这两种酸会反过来腐蚀穿孔处，增大孔径，加大漏水量，生成更多的HCI、HF，造成恶性循环。对于溴化锂机组，则对密闭性要求更高，溴化锂随水或空气将大大增加其腐蚀性，造成机组严重腐蚀，甚至于报废。
(6)因为微量渗漏就会造成恶性循环，而微小的渗漏在做压力气密性试验时较难发现（清洗后一般不做气密性试验），做真空度试验时，真空度下降不明显，也难以发现。
中央空调主机冷凝器、蒸发器管壁很薄，强腐蚀性的酸洗液容易将其腐蚀穿孔，损伤严重时，可使主机当时报废。近年来，国内已发生多起由于酸洗不当导致价值近千万元的中央空调系统洗完即报废的清洗事故。综上所述，由于中央空调设备及制冷剂的特殊性，不宜采用传统清洗技术。
2、损伤室内装修材料、增加设备维修费用；由于酸洗极易造成中央空调系统金属腐蚀损伤，即使是轻度损伤，多次酸洗后的空调系统在运行一段时间后，也会因腐蚀损伤而频繁维修和更换损伤零部件，从而大大增加系统维修费用。
更为麻烦的是，宾馆、酒店、高档写字楼的中央空调系统，若酸洗不当会造成管路腐蚀泄漏，泄漏的酸洗液会损伤室内装饰，维修泄漏管道或更换损伤部件都会导致对室内环境的重新装修，其直接后果是空调用户不仅要支付设备损伤部分的维修更换费用，而且还要付出对室内重新装修的更多费用，影响正常经营和办公。这些费用和损失有时常常是酸洗工程款的数倍甚至十几倍。
3、清洗效率低、除垢不彻底；酸洗只能将中央空调系统内的碳酸盐水垢除去，对硫酸盐及硅质性污垢无法溶解，因此清洗后系统内残存大量难溶垢，空调设备洗净率低，清洗后难以有效恢复中央空调的致冷效率和冬季供暖效率。
4、一般需停机清洗，并需要改变其运行参数。
5、排水无法达到国家环保要求，毒害生物、污染环境；酸洗溶液中含有大量的剧毒和强腐蚀性化学物质，COD、BOD值超过国家环保指标几百倍甚至几千倍，废液对花、草植物和水生物具有强烈的毒性和危害性。目前各地清洗公司和水处理公司为降低工程成本，对酸洗废液都不处理而直接排放，从而对生态环境造成极大破坏和危害。
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