1.空调系统能耗方面
医院空调不仅要求舒适性，更关系到病人的治疗与康复、医护人员的健康。但是实际运行中凸现出的第一个问题就是能耗太大。分析能耗较大的原因，主要有以下几个问题：
1.1建筑物维护结构
维护结构的耗热量占建筑总耗热量的57%~77%，不论北方地区还是南方地区，建筑结构的传热损失，都是降低空调能耗的重要环节。而在维护结构中，窗户的传热及其空气渗透耗热量最大，占建筑总耗热量的50%~60%不等，显然这部分是建筑节能的重中之重。其次外墙耗热所占的比例也很大，约30%~45%左右。
1.2冷热源选择不合理
各地的能源价格不同，单位冷量的单价也不同，冷热源的选择不合理，导致能耗较大，所以中央空调冷热源的选择和设备的合理配置空调系统耗能的核心部分，对于业主而言合理的主机配置不仅可以减少投资更可以在运营中大大地降低运行能耗。
1.3新风量大
新风的取值对中央空调的设计负荷及全年能耗的大小有着直接的影响。因为新风量的增大意味着冷负荷的增大，系统跟随着也加大，投资因此而增大。但是针对医院项目，新风负荷是动态负荷，新风负荷占总负荷的比例很大(新风按处理到室内焓值时，大概在20%~30%)，所以新风动态负荷计算变得更为重要。
1.4系统设计不合理
在目前的空调系统设计过程中，冷机选型一般只考虑满足最不利工况下的要求，也就是选择的冷机的总制冷能力大于或等于最不利工况下的冷负荷即可，然而由于建筑物绝大部分时间处于部分负荷工况，因此，针对最不利工况的设计存在较大缺陷，在设计过程中，应当考虑建筑的全年运行情况。
1.5运行管理
在实际运行中，中央空调系统大多是根据管理人员的经验进行控制，缺乏有效的运行管理策略，故亟需改进。然而由于影响空调系统优化控制的因素很多，如：何时需控制冷却水温度、如何运行新风系统等。
2.室内洁净度方面
2.1空气处理设备清洗困难
很多空气处理设备的设计没考虑机内清洁，未设计可方便开启的门，水盘和盘管洗不到。很多产品是安装于吊顶内，既使每隔一段时间对吊顶内的机组进行清洗，由于监督机制的缺乏，也无法保证清洁程度。
2.2通风管道细菌滋生
中央空调的风管为全封闭，风道内常年温、湿度较恒定，非常适宜细菌繁殖，且尘埃日积月累，为细菌提供了丰富的营养。
2.3公用风道交叉传染
目前大部分医院病区采用全空气空调系统，供风管通向每个房间，回风管从每个房间汇集到空气处理机，其中60～80%重新回到每个房间。这种方式必然导致各个房间产生的病菌相互传播。还有麻醉剂、消毒剂、异味也相互扩散。
2.4空气过滤器更换不及时
某些对净化要求极高的医院用房，需要设计多极过滤，为了确保最高一级的过滤级别的过滤效率，初中效过滤器的更换周期很多，某些过滤器需要每月，每季度更换，但是考虑到成本的问题，空气过滤器更换不及时。
2.5洁净手术室浮游菌浓度超标
洁净手术室可以通过多级过滤确保手术室的洁净度，但是滤网式过滤器不论效率多高，终有一些微小的细菌尤其是病毒可以通过，大多数情况下，空气处理末端会选用静电吸附式空气净化机。在医院实践中，由于臭氧浓度无法达到，浮游菌浓度普遍未得到控制。
3. 舒适性方面
3.1不同房间对温度要求不一
全空气系统每间房的温度不能单独调节， 导致手术室嫌热、病房嫌冷。采用风机盘管加新风系统，虽然可以调节温度，但是不能实现某些房间供冷，某些房间供暖。采用四管制的风机盘管处投资高，所以不同房间对温度的不同要求，难以实现。
3.2病人对噪音敏感，难以彻底消除空调噪音
末端空气处理机组，如风机盘管制造工艺的问题， 导致机械噪音较大。其次，由于高档风速运行，风速较高，有吹风声。
结论：对于综合医院的中央空调系统设计应考虑能耗，洁净度，舒适度健康等多方面的问题才可以最大可能的节能降耗。
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