在政策的引导下，经过2年如火如荼的建设后，冷库重复集中建库、经营同质化问题等逐渐凸显，大多企业和专家都意识到我国冷库建设存在一些通病，并且跑得过快，阻碍行业健康发展。
冷库建设有“过火”苗头
目前，我国掀起了一股建设冷库的热潮，但是很多企业在建冷库时，出现调研少等问题，甚至“一拍脑门”的计划也有。比如说，有的地方冷库已经过剩了，还拼命建设，导致市场混乱，资金回报慢。“企业在修建冷库的时候，应该从多个方面进行考虑。看该地区饱和度是多少，是否适合建设冷库，交通是否便利，能不能达到最近距离的配送，同时还要考虑局部地域的建设情况，如果周边是化工厂，肯定不能建食品库。”大连冰山工程师马双分析。
中国在冷库建设方面发展过快是个事实，但是很多国家的发展道路都表明，从单纯的速度快到又好又快，是一个必然的过程。目前我国的冷链产业还处于培育阶段，发展前景非常广阔，但是需要进行市场整合。
部分冷库设计不规范
国内贸易工程设计研究院民用建筑设计所主任工程师司彪告诉记者：“我们单位是国家和行业标准、规范的主编单位，完成《冷库设计规范》、《猪屠宰与分割车间设计规范》、《制冷术语》、《冷藏柜型式与基本参数、冷藏柜技术条件、冷藏柜试验方法》、《氨制冷系统安装工程施工及验收规范》、《冷藏库建筑工程施工及验收规范》、《室内装配式冷库》、《石油库设计规范》等标准和规范的编写。如果设计、安装、用材、管理都遵守我们的标准，基本不会出现问题。”
然而，很多企业有规范的设计图纸，却不按照规划操作，有的干脆无证设计、安装，缺乏统一标准，缺乏特种设备安全技术等。操作人员未经专业培训无证上岗，管理人员安全意识淡薄。部分以氨为制冷剂的土建食品冷库，其库址选择、地基处理、制冷设备安装等存在诸多安全隐患。许多冷库名为气调库却达不到气调的目的，部分低温库一建成就面临停用或只能按高温库降级使用的局面。
结构不合理
冷库建设呈现出多种不合理状态，有商品结构不合理，偏重于肉类、蔬果类、水产品，而其他产品所占的比例较小，且不合理;空间结构的不合理，主要集中在上海、北京、江苏、山东、辽宁、海南等地，而其他地方相对不足;类型不合理，如单层传统冷库、多层传统冷库较多，立体式高架库、节能智能库相对较少。冷冻库占比超过50%，而超低温冷冻库却占比不到1%。
冷库利用率偏低
空间利用率传统的冷库设计一般高5m左右，但在实际操作应用中，尤其是无隔架层的冷库利用率低于50%，如物品堆码的高度一旦达到3.2m时，外包装为纸箱的食品，因重压变形、吸潮等原因极易出现包装破裂、倒塌等现象，导致食品品质降低，造成较大的经济损失。
提到冷库利用率，以兰州市为例：大多数冷库每年5～10月份期间贮藏荷兰豆、西兰花、花椰菜、大白菜、甘蓝、百合等新鲜蔬菜，然后以冷藏车、简易汽运等方式运至广州、上海、杭州等南方城市进行销售经营，冷库闲置期长达6个月。兰州肉联厂低温冷库贮藏肉制品、速冻食品、雪糕、冷饮等，利用率相对较高。而其他冷库中仅有少量冷库在10月至翌年4月份贮藏水果，其余时间基本关闭闲置，周年利用率仅能达到50%。
自动化控制程度不够
国内贸易工程设计研究院民用建筑设计所主任工程师司彪告诉记者：“我们单位有位老教授，多年前就致力于自动化研究和推广，我们也总喜欢可以全自动化，既节能，又安全，可以减少人员操作，但是，全自动意味着成本上涨，很多企业不愿意投资。”
目前，很多冷库的制冷装置未广泛采用自动控制技术，有的还是手动控制，或者仅对某一个制冷部件采用了局部自动控制技术，对整个制冷系统做到完全自动控制的较少，货物进出、装卸等方面的自动化程度普遍较低。冷库只有1～3名操作人员，许多冷库基本实现夜间无人值班。不过，随着经济的发展和意识的提高，当下自动化程度也有很大提高。
设施设备老化严重
制冷机的正常维修周期一般为运转8000～10000h即应进行大维修;运转3000～4000h进行中维修;运转1000h进行小维修。适时对制冷系统进行维修、保养，可以及早消除事故隐患。因为国内大多数冷库尤其是90年代以前所建冷库，设施设备陈旧、管道严重腐蚀、墙体脱落、地基下陷、压力容器不定期检验。普遍开开停停，带病运营现象十分严重。
商业冷库价格竞争激烈
近几年随着冷库数量的增加，除部分食品生产企业、科研单位自备用于存放食品原料或用于科研试验的冷库外，商业冷库出租转让频繁，行业内低价竞争激烈，加之高温库和低温库比例失衡以及地理位置的差异，存贮肉类及速冻食品的低温库供不应求，大量的高温库闲置待用，导致大多商业冷库经营企业经济效益不佳。
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