微生物和交叉感染控制一直是医院防止院内感染的重点，也是医院通风空调的主要任务。在第五届中国国际（北京）洁净技术论坛上，同济大学机械工程学院沈晋明教授指出，大量事实表明，医院空调往往是院内感染的主要根源之一。这种感染绝大多数是由普通舒适性空调所引起的，但有些也是所谓的净化空调出的问题。
不合适空调可引起院内感染院内感染是指入院出现的病因与原有疾病无关，而是在医院内由新的病菌感染形成的。相对来说，空气是微生物较不利的生存环境。引起院内感染的微生物，如金黄色葡萄球菌、绿脓杆菌、结核杆菌以及军团病的病原菌等在大气中几乎不出现，那么，为什么会光顾医院，引起院内感染呢？
据沈晋明教授分析，过去主要是不适当的医疗操作和清扫，而现在又常常由不合适的通风空调系统，将这些附着在表面的致病菌飞扬到空气中形成浮游菌，有的随气流直接接触患者，有的附着在医护人员的头发和衣服上，转运到其他病房。由于疾病、药物治疗或放射性治疗，患者的抵抗力都有不同程度的损害，因此院内感染几率会大大增加。
医院空调系统的发展过程沈晋明教授回顾了我国解决医院空调系统中微生物污染的三个阶段。他指出，传统的思维方式是重视将已经发生的病菌杀死，而不顾及微生物如何发生。这种思路自然会认为依赖化学消毒就可以解决一切问题。所以，不但在室内，而且对空调系统进行消毒，设置许多紫外线灯管或使用很多化学消毒剂。长期的化学消毒实践已经暴露出许多弊端：化学消毒剂容易残留，对人的皮肤、神经系统、胃肠道及呼吸道有一定的不良影响，甚至损伤患者的免疫系统；容易产生耐药菌珠，并抑制正常菌群，从而破坏菌种平衡。
针对化学消毒灭菌的局限性，我国上世纪70年代后期开始借助工业洁净技术这一物理手段来控制微生物污染，并取得一定效果。但这种手段的目的仍然是将已经发生的病菌除掉，多采用普通空调机组加上空气过滤器的控制方式。大量事实表明，单纯的净化除菌也无法有效地控制微生物污染。因为微生物是活的粒子，在不利状态下会变成孢子，有很长的潜伏期，可导致持续的潜在风险。在不合适的空调系统中，空调箱和管道内表面、冷却去湿盘管、冷凝水盘与排水水封、加湿器及其存水容器、空气过滤器表面等地方均促成致病菌的不断积存和繁殖。过滤器表面繁殖的微生物及其粒径非常小的代谢物很容易透过过滤器。细菌代谢物对人体危害不亚于活菌，这就形成空调系统的二次污染。可见微生物污染控制不存在最小的控制粒径。尽管国内外都提高了末端空气过滤器的效率，但仍然不能过滤掉全部的微生物及其代谢物，而且使医院在一次投资与运行费用方面负担沉重。
上世纪90年代末期，我国开始重视对生物洁净技术的研究与实践。以2000年颁布的《医院洁净手术部建设标准》为标志，表明我国控制医院的微生物污染技术已经摆脱工业洁净技术的影响，开始了生物洁净技术的全面应用。
生物洁净技术的应用沈晋明教授介绍说，生物洁净技术旨在建立起一套保障体系，其关键不仅在于最终无菌程度的体现，而且在于将对最终结果的控制转变为对影响因子的控制，转变为对全过程的控制。只有这样才能从根本上彻底消除空气途径传播的微生物污染。
有关研究表明，产生微生物污染的关系链通常由三个部分组成：首先是存在微生物积存的隐患；其次是引发微生物繁殖的隐患；最后是具有使微生物从积存地散播给易感人群的途径。沈教授指出，生物洁净技术的一个重要措施是从根本上破坏或消除空调系统中这条关系链。
生物洁净技术是以控制微生物及其代谢物浓度，消除微生物污染或危害为控制目标，是一种对累积性危害微粒的控制。
另外，生物洁净技术也从传统空调的提高热湿交换效率的设计思路转换到有效净化除菌上来。防止细菌滋生、繁殖的原则之一是长期保持空调系统的干燥和清洁。相对来说，消除积尘较为简单。因此，有效净化除菌的设计思路关键在于形成湿度控制优先观念。这样的设计优先考虑将系统中的水分尽快排除，避免水分的产生、飞扬、积存或局部形成高湿度。同样，室内控制也是如此。
实施全新的微生物污染控制概念，将防菌与抗菌措施结合起来，将除菌的物理性能与杀菌的化学性能有机地结合在一起，将宏观的空气净化技术与微观的材料合成技术结合起来，开发新型空调机组和系统，有效地解决了二次污染，将为医疗环境提供了一种切实可行的保障体系。
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