进入新世纪以来，我国农产品储藏保鲜技术迅速发展，农产品冷链物流发展环境和条件不断改善，特别是近几年，十万吨级以上的冷库相继建设和规划建设，使我国的冷链物流进入一个新的大发展时期。
目前，我国规模化、系统化的冷链物流体系尚未形成，与发展现代农业、居民消费和扩大农产品出口的需求相比仍有差距。突出表现在：鲜活农产品冷链流通的比例仍然偏低；冷链物流基础设施能力严重不足；冷链物流技术推广滞后；第三方冷链物流企业发展滞后；冷链物流法律法规体系和标准体系不健全；冷链物流的科研投入和科技创新相对滞后；掌握冷链物流技术的科技人才严重缺乏。
为了促进农产品冷链物流的发展，国家发展改革委出台了《农产品冷链物流发展规划》，提出了“十二五”时期的发展目标。即，到2015年，建成一批效率高、规模大、技术新的跨区域冷链物流配送中心，冷链物流核心技术得到广泛推广，形成一批具有较强资源整合能力和国际竞争力的核心冷链物流企业，初步建成布局合理、设施先进、上下游衔接、功能完善、管理规范、标准健全的农产品冷链物流服务体系。肉类和水产品冷链物流水平显著提高，食品安全保障能力显著增强；果蔬冷链物流进一步加快发展，果蔬、肉类、水产品冷链流通率分别提高到20%、30%、36%以上，冷藏运输率分别提高到30%、50%、65%左右，流通环节产品腐损率分别降至15%、8%、10%以下。同时，还提出了八项重点建设工程，分别是冷库建设工程、低温配送处理中心建设工程、冷链运输车辆及制冷设备工程、冷链物流企业培育工程、冷链物流全程监控与追溯系统工程、肉类和水产品冷链物流工程、果蔬冷链物流工程和冷链物流监管与查验体系工程。
同时，科技部也从过去更多关注鲜活农产品贮藏保鲜转变为将目光更多地投向了冷链物流领域，“十二五”期间将重点研发冷链物流新装备和新技术。从立项和正在立项的科技攻关项目看，“十二五”时期投入的科研经费明显多于“十一五”的科研投入。另外，科技部也正在组织专家编写与农产品冷链物流有关的发展规划纲要。
现代物流业也首次出现在《产业结构调整指导目录(2011年)》中。其中包括农产品物流配送(含冷链)设施建设，食品物流质量安全控制技术服务；实现港口与铁路、铁路与公路、民用航空与地面交通等多式联运物流节点设施建设与经营；第三方物流服务设施建设等内容。
国家发改委专项《海南省国家冬季瓜菜基地建设规划》在100万亩瓜菜种植区布局了几十个田头预冷集货站，根据瓜菜种植面积规模规划了40吨/日、60吨/日、80吨/日、100吨/日和200吨/日预冷能力的智能化果蔬高湿压差预冷库及配套的恒温保鲜库和瓜菜分级、包装加工处理车间。推广产地与冷藏运输技术，是我国冷链系统运用中的关键问题，这一专项规划的出台将有利于解决冷链应用中的“瓶颈”问题。
财政部、商务部出台了《关于开展农产品现代流通试点的通知》，通知提出，要在全国多个区域建设从产地到销地的冷链系统(周转冷库、冷藏车、冷柜、制冰机)；发展冷藏集装箱运输，优化组合公路、铁路、水路等运输方式，扶持公路、铁路、海路冷链运输，同时，加强冷链物流配送设施设备配置(周转箱等)，加快冷链标准化和信息化管理系统建设。
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